No período antes da independência nacional, a elaboração de planos e projectos de rodoviários do de Moçambique estava na responsabilidade da Repartição de Estradas e Pontes, criada Decreto n.º 45575, de 26 de Fevereiro de 1964, instituição adstrita aos Serviços Provinciais de Obras Públicos e Transportes do Ultramar. Posteriormente a Repartição de Estradas e Pontes foi extinta e, em seu lugar foi criada a Junta Autónoma de Estradas de Moçambique (JAEM).

A Portaria 154, de 12 de Abril de 1977 transforma a JAEM em Direcção Nacional de Estradas (DNE), subordinada ao Ministério das Obras Públicas e Habitação, com a responsabilidade de projectar, construir e conservar as estradas e edifícios públicos não alienados através de unidades produtivas denominadas Construtoras Integrais-empresas estatais, uma em cada uma das 10 províncias.

Durante a primeira década da independência nacional, o objectivo primário do sector de estradas foi de completar ligações dos vários troços da rede, para um sistema nacional de estradas revestidas, incluindo a abertura de acessos para as áreas rurais.

Em 1987 o governo de Moçambique, concebeu o Programa de Reabilitação de Económica (PRE) e mais tarde o Programa de Reabilitação Económica e Social, que passou a integrar a componente social, no contexto do qual, foram definidas prioridades no processo de reabilitação e reconstrução de infraestruturas físicas do sector de transporte a favor do meio rural.

Neste contexto, o sector de estradas foi reestruturado e a DNE passou a designar-se Direcção Nacional de Estradas e Pontes (DNEP), criada pelo Diploma Ministerial nº 25/87, de 13 de Janeiro. A DNEP estava subordinada ao Ministério de Construção e Águas, com a função principal de gestão da rede rodoviária do país. A componente de execução de obras de construção e manutenção de estradas que até então fazia parte das actividades das Construtoras Integrais foi transferida para as então criadas Empresas de Construção e Manutenção de Estradas e Pontes (ECMEPs).

A partir de 1992, o programa de reabilitação e reconstrução de estradas ganhou uma nova dinâmica, o que permitiu reduzir para cerca de um terço a extensão de estradas intransitáveis, triplicando a extensão de estradas que beneficiam de manutenção e revitalizando os corredores internacionais de transporte rodoviário.

Em princípios dos anos 1990, com apoio dos parceiros de desenvolvimento foi concebido o  Projeto de Estradas e Navegação Costeira denominado em inglês por Roads and Coastal Shipping Project – ROCS, lançado  em Junho de 1994 que, de entre outros tinha o objetivo de contribuir para o restauração do crescimento económico através da melhoria da rede de estradas, desencadear reformas de políticas e regulamentos do sector  e, a preparação de fases subsequentes de um programa a longo prazo da melhoria dos subsectores de transporte de cabotagem e estradas.

Para garantir o alcance dos resultados almejados, através da Resolução nº 50/98, de 28 de Julho, foi estabelecida a Política de Estradas, que definia como prioridades a reabertura de estradas e o restabelecimento de corredores de transporte após anos de contínua degradação.

Para materializar a Política de Estradas ora aprovada, foi desencadeada a primeira grande geração de reformas institucionais de que resultou na concepção de um sistema que passou a regular na generalidade o quadro legal, institucional e financeiro em que opera a administração das estradas em Moçambique, que esteja orientado no sentido de libertar a administração pública da responsabilidade operacional de execução directa de obras que, doravante passaria a ser assegurada por entidades apropriadas de direito privado.

Como corolário destas reformas, por força dos Decretos n.^os 13, 14 e 15/99, de 27 de Abril,

• as ECMEPs foram transformadas, em sociedades anónimas de responsabilidade limitada, com o desafio de corresponderem à dinâmica própria do processo de liberalização da economia e a reforçarem, neste contexto, a sua eficiência e rentabilidade;
• foi criado o Sistema de Administração de Estradas que regula o quadro legal, institucional e financeiro em que se deve operar a administração das estradas;
• foi criada a Administração Nacional de Estradas como instituição pública, dotada de personalidade jurídica e autonomia administrativa e financeira, subordinada ao Ministério das Obras Públicas e Habitação com objectivo de assegurar a implementação das políticas do Governo sobre conservação e desenvolvimento das estradas públicas.

Em 2003 implementou-se a separação da instituição responsável pela gestão da rede e implementação de políticas do governo para o sector com a função de financiamento criando-se assim duas instituições autónomas a ANE e o Fundo de Estradas (FE). O Fundo de Estradas (FE) como instituições com autonomia administrativa e financeira respectivamente, subordinadas ao Ministro de Obras Públicas e Habitação, e a ANE responsável pela gestão administração da rede de estradas nacionais e regionais.

Com vista a maximizar gestão dos recursos na execução de projectos de estradas foi decidido no dia 28 de Abril de 2006, a extinção dos Departamentos de Estradas e Pontes até então unidades orgânicas das Direcções Provinciais das Obras Públicas e Habitação e a transferência dos recursos humanos, materiais e financeiros, funções e responsabilidades a estes afectos para as Delegações locais da Administração Nacional de Estradas (ANE).

Ainda no ano de 2006, o Governo de Moçambique com apoio de parceiros de desenvolvimento concebeu o Programa integrado do Sector de Estradas (PRISE) que aposta na melhoria do desempenho da manutenção para a sua sustentabilidade e harmoniza abordagens da estrutura de avaliação de desempenho conjunta, de entre as quais a realização de reuniões de revisão semestrais conjuntas bem como a mobilização de financiamentos para um fundo conjunto gerido pelo Fundo de Estradas.

Pelo Decreto nº 13/2007, de 30 de Maio, ANE é reestruturada de modos a adequar a sua estrutura os desafios que se impunham na implementação do PRISE, tanto a nível central como a nível provincial.

O fruto do crescimento do ambiente económico, social, financeiro e institucional do País, surgiram novos desafios e oportunidades na estratégia de desenvolvimento do Sector de Estradas, que traduziu-se na  reformulação da Política de Estradas, aprovada pela Resolução nº 61/2008, de 30 de Dezembro, tornando-a mais inclusiva, com a visão de elevar, permanentemente, o índice de transitabilidade rodoviária, através de estradas em condições boas e razoáveis de modo a garantir a circulação de pessoas e bens ao longo de todo o ano.

A nova Política de Estradas desencadeou uma segunda geração de grandes reformas institucionais, impulsionando uma nova dinâmica e funcionalidade ao Sector de Estradas do País, abrindo mais espaço para a mobilização de recursos para a execução de grandes projectos de reconstrução da rede nacional de estradas, paralelamente à implementação das reformas em curso na administração pública em Moçambique.

Volvidos 21 anos a depois da sua criação, em 2020, resultado das reformas no sector público, a ANE foi reformulada para Instituto Público, ANE, IP que hoje experimenta os desafios da implementação da gestão da rede de estradas classificadas e do apoio a gestão da rede de estradas não classificadas descentralizada à autarquias e governos locais.